Trakya Üniversitesi 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile 20 Temmuz 1982 tarihinde kurulmuştur. Trakya Üniversitesi kuruluşta; Rektörlüğe bağlı olarak yeni kurulan Fen-Edebiyat Fakültesi ve Tekirdağ Ziraat Fakültesi`nden, İstanbul Üniversitesi Edirne Tıp Fakültesi`nin bağlantısının değiştirilmesiyle oluşturulan ve Rektörlüğe bağlanan Tıp Fakültesi`nden, Edirne Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi`nin Fakülte`ye dönüştürülmesiyle oluşturulan ve Rektörlüğe bağlanan Mühendislik-Mimarlık Fakültesi`nden, Rektörlüğe bağlı olarak yeni kurulan Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü, Sağlık Bilimleri Enstitüsü`nden, Milli Eğitim Bakanlığı Edirne Eğitim Enstitüsü`nün adının değiştirilmesiyle oluşturulan ve Rektörlüğe bağlanan Eğitim Yüksekokulu, Çanakkale Eğitim Enstitüsü`nün adının değiştirilmesiyle oluşturulan ve Rektörlüğe bağlanan Çanakkale Eğitim Yüksekokulu, Rektörlüğe bağlanan Edirne Meslek Yüksekokulu, Çanakkale Meslek Yüksekokulu, Kırklareli Meslek Yüksekokulu ile Tekirdağ Ziraat Fakültesi`ne bağlanan Tekirdağ Meslek Yüksekokulu`ndan oluşmuştur.

Trakya Üniversitesi kurucu ve II. Dönem Rektörü Prof.Dr. Ahmet KARADENİZ`dir. 6 Ağustos 1992`de III. Dönem Rektörlüğüne Prof.Dr. Poyraz ÜLGER, 6 Ağustos 1996`da IV. Dönem ve 6 Ağustos 2000`de V. Dönem Rektörlüğüne Prof.Dr. Osman İNCİ atanmıştır. VI. Dönem Rektörlüğüne 6 Ağustos 2004 tarihinde Prof.Dr. Enver DURAN atanmıştır. Prof.Dr. Yener YÖRÜK VIII. Dönem Rektörü olarak 6 Ağustos 2012 tarihinde göreve başlamıştır.